新風系統的功能除了通風換氣以外，最重要的功能就是過濾空氣中的污染物，因此新風系統的空氣過濾器是整個系統中最為重要的一環。
一般的新風系統用空氣過濾器可以分為三個層次：即初效過濾器、中效過濾器及高效過濾器。
在新風系統當中，初效、中效、高效過濾器一般不單獨使用，而是兩種或三種配合使用。裝配兩層以上空氣過濾器的新風系統，才能達到更好的空氣過濾效果。
過濾效果越徹底，價格也越貴。
新風系統用空氣過濾器一般分為三層，分別為初效過濾器、中效過濾器與高效過濾器：
1、初效過濾器：它是由白色無紡布折疊制成，折疊部分展開后，面積幾倍放大呈現眼前，過濾面積足夠大。作為初級過濾的它，能夠有效過濾空氣中的大顆粒粉塵和蟲子進入機體;
無紡布過濾網：學名聚酯纖維，俗稱無紡布，無紡布具有使用廣泛性、技術成熟性、穩定性好等技術特點，是我國目前初、中效板式、袋式過濾器的典型濾材。
2、活性炭過濾器：具有活性炭高效的吸附性能，可用于空氣凈化，去除揮發性有機化合物甲醛、異味等空氣中的污染物。體積密度小，表面積大、吸附效率高。
3、高效過濾器：即HEPA過濾器，HEPA是高效空氣一個縮寫，所以它是一種能高效過濾掉空氣超細微粒的凈化器。HEPA中文意思為高效空氣過濾器，達到HEPA標準的過濾網，對于0.1微米和0.3微米的有效率達到99.7%，HEPA網的特點是空氣可以通過，但細小的微粒卻無法通過。
HEPA分PP濾紙、玻璃纖維、復合PP PET濾紙、熔噴滌綸無紡布和熔噴玻璃纖維五種材質。特點：風阻大，容塵量大，過濾精度高，可以根據客戶需要加工成各種尺寸和形狀，適合不同的機型使用。
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